Cette expression est née au Moyen Âge.
Dans l'ancienne médecine aristotélicienne, le cœur était l'organe des émotions, et indirectement, étant donné la force inoubliable des émotions, un auxiliaire puissant de la mémoire.
Les impressions sensorielles sont transportées d'abord par le pneuma dans le cœur, puis dans le cerveau.
« Apprendre par cœur », au sens péjoratif et caricatural actuel, c'est apprendre dans la crainte, et non par amour, ce que l'on vous a forcé a mémoriser. La mémoire, en effet, est toujours aux ordres du cœur.