Le premier sens de perdre sa fleur est botanique, l’arbre perd sa fleur lorsque celle-ci a fécondé, que le fruit pousse à sa place.
Avoir la fleur de quelque chose, c’est avoir le premier usage d’une chose nouvelle, par exemple d'une nouvelle étoffe.
Furetière, de son côté, rapporte : « On dit aussi que la virginité est une fleur qu’on ne cueille qu'une fois. »
« Perdre sa fleur », c’est donc perdre sa virginité, au sens sexuel du terme. Vu d’en face, prendre la fleur équivaut à déflorer. Et conter fleurette s’entend peut-être alors moins innocemment qu’il n’y paraît.
L’expression perdre sa fleur est déjà chez La Fontaine, qui utilise dans le même sens perdre ses gants et, vu d’en face, avoir les gants d’une fille :
Mainte fille a perdu ses gants,
Et femme au partir s’est trouvée,
Qui ne sait la plupart du temps
Comme la chose est arrivée.
Dans le Candide de Voltaire, une vieille explique à Cunégonde et à Candide la façon dont elle perdit la sienne sur un navire qui l’emmenait au Maroc en esclavage :
« Pour moi, j’étais ravissante, j’étais la beauté, la grâce même, et j’étais pucelle. Je ne le fus pas longtemps : cette fleur, qui avait été réservée pour le beau prince de Massa Carrara, me fut ravie par le capitaine corsaire. »