Cette expression argotique est d'origine inconnue. « Se creuser la cervelle » est une formule très imagée qui signifie que l'on réfléchit intensément à quelque chose en recherchant une solution pour régler une situation ou un problème complexe.
« Se creuser la cervelle » renvoie à l'idée que la réflexion est un effort intellectuel si important qu'il en devient physique.