La mer Rouge, comme toutes les mers est le plus souvent bleue. Elle aurait néanmoins été nommée ainsi, car les micro algues qui y sont très présentes forment d'immenses colonies que l'on peut apercevoir à la surface de l'eau sous forme de traînées rougeâtres lorsqu'elles meurent.
Les hébraico-phéniciens, créèrent de nombreux comptoirs pour commercer principalement du cuivre, ils se nommèrent ensuite les « Edomites » (de l’hébreu « edom » -rouge-) ce que les grecs traduisirent par « phoenicos » (rouge), d’où « mer rouge ».
Elle tire aussi son nom d'un phénomène causé par un type d'algue, appelée Trichodesmium erythraeum, qui se trouve dans ladite mer.