Importuner, exaspérer.
En fait, notre locution est un mélange bizarre de choses de diverses origines, mélange datant de la fin du 19e siècle.
D'un côté, dès le 16e siècle, nous avons le verbe « courir quelqu'un » qui, dans cet emploi populaire et transitif, signifie déjà tout seul « importuner ».
D'un autre, au début du 19e, nous avons le verbe « haricoter » qui, signifie « être mesquin en affaires », soit « marchander sur des riens » (ce qui exaspère, forcément).
Enfin, on trouve le « haricot » argotique qui signifie « orteil ». Et il est normal que quelqu'un qui se fait « courir sur l'orteil » se considère comme quelque peu importuné et sente l'exaspération monter en lui.